Styropian podłogowy można układać zarówno w jednej, jak i w kilku warstwach. Wybór nie powinien jednak wynikać wyłącznie z wygody wykonawcy albo dostępności płyt o konkretnej grubości. Sposób ułożenia izolacji wpływa na ciągłość warstwy termicznej, możliwość prowadzenia instalacji, stabilność podłoża pod wylewkę oraz ograniczenie mostków cieplnych w miejscach łączenia płyt. W budownictwie jednorodzinnym bardzo często stosuje się układ dwuwarstwowy, ponieważ pozwala przesunąć styki płyt względem siebie i dokładniej wypełnić przestrzeń wokół przewodów, rur oraz innych instalacji prowadzonych po podłodze. Nie oznacza to jednak, że dwie warstwy zawsze są lepsze od jednej. Jeżeli projekt przewiduje jedną odpowiednio dobraną warstwę, podłoże jest równe, a instalacje nie kolidują z płytami, rozwiązanie jednowarstwowe może być całkowicie prawidłowe. Najważniejsze jest dopasowanie układu do projektowanej grubości izolacji, przewidywanych obciążeń, parametrów cieplnych podłogi, rodzaju jastrychu oraz przebiegu instalacji. Sam podział grubości na jedną lub dwie warstwy nie zastąpi prawidłowego doboru styropianu podłogowego pod względem wytrzymałości i przeznaczenia.